મોરારી બાપુના નીલકંઠવર્ણી વિવાદ મામલે સનાતન ધર્મ સંમેલનમાં સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાય અને હિન્દુ સંતો સાથે સમાધાન થતાં વિવાદનો અંત આવ્યો હતો. પણ હજુ લાગે છે કે, આ વિવાદનો અંત આવ્યો નથી. ગુજરાતના જાણીતા લોકસાહિત્યકાર માયાભાઈ આહિર,જય વસાવડા, અનુભા ગઢવી અને અન્ય કેટલાક લેખકોએ સ્વામિનારાયણ સંસ્થાએ આપેલાં એવોર્ડ પરત આપી દીધા છે. જાણીતા રામ કથાકાર મોરારિબાપુએ પેરિસની એક કથામાં કહ્યું હતું કે, નીલકંઠનો અભિષેક એટલે શિવનો જ અભિષેક થાય છે. જો કોઈ પોતાની શાખામાં નીલકંઠનો અભિષેક કરે તો એ શિવ નથી પણ બનાવટી નીલકંઠ છે. હવેના સમયમાં નીલકંઠનું છેતરામણું રૂપ આવતું જાય છે. જેમણે ઝેર પીધું તે નીલકંઠ છે. જેમણે લાડુડીઓ ખાધી હોય તે નીલકંઠ ન કહેવાય. મોરારિબાપુની આ વાત સાંભળીને હરિભક્તોમાં દુઃખની લાગણી જોવા મળી છે. તેને કારણે સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયમાં રોષની લાગણી પણ જોવા મળી. બાપુના નીલકંઠવર્ણી પર કટાક્ષથી સ્વામિનારાયણ સંપ્રદાયના સાધુ-સંતો નારાજ થયા છે.
